拉萨清真寺位于拉萨旧城东南河坝林回族聚居区，寺址东西向，沿中轴线前后设有三进院落。 建筑群由牌楼、礼拜殿、邦克楼、浴室、水房、林卡等组成。礼拜殿朝东，分内殿、敞厅、月台等。敞厅内悬挂有“清真古寺”匾额。

园内建筑大多采用藏族传统形式，圆形拱顶、尖塔，围墙均用凿刻的方形岩石垒砌，殿内采用伊斯兰教习用的花草纹图作装饰，蓝色作基调，带有浓郁的宗教与地方建筑艺术相结合的明显特色。 大门北向，系木质排楼，上书"清真寺"三字。院内礼拜堂是寺院的主体建筑，座西朝东，西壁悬麦加天房挂毯，北侧有阿訇讲经的台座。

宣礼楼又称邦克楼，是大清真寺的主要塔楼，礼拜员按时登临塔顶，召唤穆斯林按时进行礼拜活动。 小清真寺是本世纪20年代专门给在拉萨经商、旅游的克什米尔、拉达克、南亚等国伊斯兰教信徒做礼拜而筹资修建的。